La UAQ tiene su origen en el año de 1625, como Colegio Jesuita de San Ignacio de Loyola; en 1867 se instituyó como Colegio Civil y a finales de 1950 se clausuró este Colegio por decisión del Gobernador, Dr. Octavio S. Mondragón, para fundar la Universidad de Querétaro, la cual comenzó a operar el 24 de febrero de 1951. La autonomía se logró en 1959, así se transformó a Universidad Autónoma de Querétaro. Su Ley Orgánica se aprobó por la Legislatura de Querétaro, con vigencia a partir del 5 de febrero de 1959.

En el ámbito estatal, en Querétaro se han tenido gobiernos que han brindado un apoyo firme y generoso a la UAQ, es el caso del Dr. Octavio S. Mondragón Guerra, médico militar, que siendo gobernador de 1949 a 1955, en 1951 transformó el Colegio Civil en la Universidad de Querétaro nombrando rector al Lic. Fernando Díaz Ramírez, y en 1967 fundó el Patronato Universitario con un donativo personal. En 1985 instituyó el Premio Alejandrina a la Investigación, nombrado así en honor de su esposa Alejandrina Gaytán de Mondragón, mediante un fideicomiso a cuyos fondos se han venido sumando los donados por varios empresarios queretanos. Desde entonces la Universidad Autónoma de Querétaro otorga anualmente este Premio, como estímulo a la cultura y a la investigación científica. El Dr. Mondragón nació en la capital queretana el 20 de junio de 1908 y murió el 16 de noviembre de 2002, sus restos descansan en el Panteón de los Queretanos Ilustres.

El Dr. Mondragón transformó el Colegio Civil en la Universidad de Querétaro en 1951 y quien aquí escribe tuvo la suerte de haber conocido y frecuentado al Dr. Mondragón desde el inicio de la gestión desempeñada como rector de la UAQ (1994-2000), escuché los relatos de sus anhelos y expectativas cuando en su campaña política para ser electo gobernador (1949-1955), observó la carencia de ingenieros civiles, únicamente había dos en la entidad, el mismo había estudiado medicina en la Cd. de México porque en Querétaro no se formaban médicos, únicamente existía la carrera de Leyes. Ante la necesidad de formar profesionistas en diversos campos del conocimiento e impulsar la investigación, consideraba que Querétaro debía contar con una gran universidad a fin de tener el capital humano indispensable para el progreso del estado, quería que se tuviese una universidad como las mejores del mundo, mencionaba algunas universidades europeas como la de Bolonia, la de París y la de Cambridge; y así lo llevó a cabo, sentando las bases para ello, instituyendo la Universidad de Querétaro en 1951, acompañándola y apoyándola siempre. Con esta decisión política y la acción implementada, se llevó a cabo uno de los acontecimientos de mayor relevancia y trascendencia para Querétaro y que a la fecha testimonia se fecundidad en beneficio de decenas de miles de jóvenes que se preparan, también decenas de miles de profesionistas egresados, así como posgraduados de especialidades, maestrías y doctorados de calidad.

La Universidad de Querétaro surgió así, con la finalidad de ser una institución de cultura superior que tendría por objeto impartir la enseñanza en las diversas disciplinas científicas que se requieren para formar el hombre culto, al profesionista y al técnico y asimismo, organizar y fomentar activamente la investigación científica.

El Dr. Mondragón dejó un legado perenne a la UAQ y a Querétaro, su busto fue colocado a un costado del Auditorio Fernando Díaz Ramírez en el Campus Universitario del Cerro de las Campanas, junto a otros grandes benefactores: el Dr. Diego de Barrientos y Rivera, primer gran benefactor que donó los recursos para la creación del Colegio Jesuita de San Ignacio de Loyola; le acompañan Don Juan Caballero y Osio, así como los empresarios Ing. Bernardo Quintana Arrioja y Don Roberto Ruiz Obregón.