Con un incremento de 261% de los recursos destinados a investigación, 254 proyectos vigentes, 204 miembros del Sistema Nacional de Investigadores (SNI) y numerosos centros y laboratorios de investigación en todas las áreas del conocimiento, la Universidad Autónoma de Querétaro se coloca como la primera institución en la materia a nivel estatal con alto impacto en los niveles regional y nacional.
Junto con la docencia y la extensión de la cultura, la investigación es una de las tres funciones sustantivas de la UAQ, en la que se ejercieron más de 195 millones 918 mil pesos en 2012 de presupuesto interno y financiamiento externo, lo cual representa un aumento de 261% pues en 2011 se ejercieron 51 millones de pesos.
Además, la UAQ cuenta con 34 posgrados inscritos en el Programa Nacional de Posgrados de Calidad (PNPC) del CONACYT; hasta 2011 se tenían registrados 13 posgrados en el PNPC y tan sólo en 2012 se incorporaron 16 más.
Por primera vez, la Universidad creó el Fondo para el Fortalecimiento de la Investigación (FOFI) al cual destinó 15 millones de pesos propios para 106 proyectos aprobados; en tanto que en las diversas convocatorias del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT) se obtuvieron más de 78 millones 500 mil pesos con los que se apoyó a 33 proyectos de investigación.
Además, como parte del recurso de los Fondos Mixtos (FOMIX) de CONACYT y los gobiernos de Querétaro y Guanajuato, se obtuvieron más de 26 millones 840 mil pesos para llevar a cabo 22 investigaciones.
En lo que va de 2013, la institución educativa ha recibido más de 51 millones de pesos de financiamiento externo para apoyar 28 proyectos, y está a la espera de los resultados de diferentes convocatorias, principalmente del CONACYT, en las que participaron 87 propuestas universitarias.
En cuanto a las investigaciones registradas, la Facultad de Bellas Artes tiene 17; Ciencias Naturales, 42; Ciencias Políticas y Sociales, 20; Contaduría y Administración, 18; Derecho, 1; Enfermería, 2; Filosofía, 24; Informática, 5; Ingeniería, 26; Lenguas y Letras, 15; Medicina, 8; Psicología, 40 y, finalmente, Química con 36.