El municipio de San Juan del Río posee uno de los instrumentos musicales más apreciados en la liturgia católica, un órgano tubular que data del año 1906 de manufactura alemana E.F. Walckers & Co, Ludwigsburg-Wirll y con número de serie Op. 1344 y que se encuentra actualmente ubicado en el balcón del Coro del Santuario Diocesano de Nuestra Señora de Guadalupe.
Este órgano, de edad joven con 109 años, posee una acústica incomparable, aunque se puede considerar de un tamaño pequeño a comparación de los existentes en la Catedral Metropolitana y de la Basílica de Guadalupe, ambas en la Ciudad de México. Este órgano mantiene su sonido original gracias a un sistema de tubos que expulsan aire a través de pedales y cinco registros de tonos musicales.
Esta complejidad es la que resalta las notas musicales a través del mismo, en donde los grandes maestros de la música tienen ante sí un sinodal muy exigente, entre los músicos invitados destacan el maestro Felipe Ramírez, quien es organista emérito de la catedral de México; el maestro Guillermo Sánchez, quien fue organista de la Basílica de Guadalupe y el maestro José Francisco Álvarez, quienes han acudido por invitación a ofrecer conciertos y a musicalizar las misas solemnes que se llevan a cabo durante el año en este Santuario Diocesano de Nuestra Señora de Guadalupe.
Otro aspecto importante es el perfecto estado de conservación y al mantenimiento del mismo, lo que permite escuchar las melodías como alabanzas únicas a Dios.