Durante la gestión del presidente municipal de Querétaro Manuel González Valle (2006-2009) se detectaron mil 62 observaciones integradas en 98 auditorías que generaron a la administración pública, un déficit acumulado de 447 millones 76 mil 498 pesos con 63 centavos. Al dar a conocer los resultados de la investigación realizada sobre el manejo financiero de la anterior administración municipal, Mauricio Ortiz Proal quien encabezó los trabajos de la Comisión para la Investigación y Evaluación de la Administración Municipal de Querétaro, aseguró que las irregularidades detectadas provocaron que el municipio incrementara sus deudas a corto plazo. Dentro de las irregularidades que se detectaron resaltan: pagos improcedentes o en exceso en obra pública, adjudicaciones o en justificación del gasto; inadecuada formalización de contratos y convenios; falta e inadecuada aplicación de penas y sanciones por incumplimientos; omisión de retenciones de impuestos federales; falta de supervisión y control interno, desviando en algunos casos, el destino de los recursos a rubros no autorizados por la Ley de Coordinación Fiscal (LCF). Al inicio del actual gobierno municipal presidido por Francisco Domínguez Servién, los integrantes del cabildo acordaron crear una comisión para que investigara los manejos financieros del anterior alcalde, Manuel González Valle, del Partido Acción Nacional (PAN). El primer día como presidente municipal de Querétaro, Francisco Domínguez aseguró que recibía de su antecesor un gobierno deficitario por lo que tenía que implementar un plan de austeridad para recuperar su solvencia financiera. La Comisión para la Investigación y Evaluación de la Administración Municipal de Querétaro, encabezada por el regidor del Partido Revolucionario Institucional (PRI), Mauricio Ortiz Proal dedicó el trienio a la investigación, entregando un disco compacto con los resultados. El regidor, al presentar el informe, afirmó que la administración de Manuel González “se caracterizó por utilizar los recursos públicos bajo su responsabilidad, sin apegarse a la normatividad que le fue aplicable”. De acuerdo a los informes de los resultados de las cuentas públicas del periodo del primero de octubre del 2006 al 30 de septiembre de 2009, hubo un “inadecuado control en la programación presupuestal y financiera; omisiones en la administración de los recursos humanos y materiales, observándose también una recurrencia en las irregularidades detectadas por los diferentes órganos de fiscalización, incumpliendo con la normatividad aplicable en el ámbito federal, estatal y municipal”. Ortiz Proal señaló que de las 98 auditorías practicadas, únicamente se han aplicado 88 sanciones a través del Tribunal Municipal de Responsabilidades Administrativas, de las cuales resolvió 55 acciones por concepto de amonestación que representa 62.5%; 21 acciones de absolución e improcedencia que representa 23.8% y únicamente 4 acciones por concepto de inhabilitación (4.5%), 4 por promoción de Responsabilidades Administrativas Sancionatorias y similar número por Pliego de Observaciones. Los resultados de este análisis fueron determinados con base en la revisión de los informes emitidos por órganos de fiscalización y despachos externos.