Tras declarar como valido el plebiscito de El Marqués, el Instituto Electoral del Estado de Querétaro (IEEQ) dio a conocer que se tuvo que hacer el conteo de voto por voto para dar certeza al proceso y evitar suspicacias, ya que en una primera instancia se había comentido un "error humano" en el que se las cifras estaban cambiadas.
El presidente de dicho órgano elector, Gerardo Romero Altamirano, aseguró que no tuvieron ningún problema con las urnas electrónicas que se dispusieron para esta jornada, aunque destacó que no se contempla utilizar el mismo sistema en procesos ordinarios de elecciones constitucionales.