Los sitios arqueológicos de San Juan del Río destacan por sus características propias en la entidad. En este municipio se encuentran los únicos murales teotihuacanos hallados fuera de Teotihuacán y prevalece el basamento piramidal del Barrio de la Cruz, que destaca por los materiales empleados para su edificación.
El basamento piramidal del Barrio de la Cruz data del año 500 AC, pero investigaciones refieren que las primeras etapas de construcción iniciaron en el año 200 AC. En este sitio se tiene influencia de varias culturas, por ello es que el monumento fue constituido en varias etapas.
Para la colocación de las piezas de piedra de esta pirámide fue empleado un tipo de cemento especial, constituido con nopal y barro, por esta razón, la conservación de este sitio requeriría de un tratamiento especial, no se permite a los visitantes subir a la zona por la fragilidad de los bloques que la integran.
Pobladores de la cultura chichimeca y hñähñu (otomí) fueron los encargados de levantar esta pirámide, ubicada en un punto estratégico del territorio sanjuanense, ya que el hoy conocido Barrio de la Cruz era la frontera entre ambos pueblos antiguos.
Otros pueblos prehispánicos transitaron por este y otros puntos de San Juan del Río, a medida que fueron creciendo las diferentes culturas, por ello se puede observar que numerosos vestigios tienen influencia de diferentes étnias.
La pirámide del Barrio de la Cruz estuvo oculta por tierra y maleza, y fue hasta el año 2000 cuando autoridades municipales, en coordinación con el Instituto Nacional de Antropología e Historia iniciaron la exploración.
Las tradiciones prehispánicas se mezclan con los actuales cultos religiosos, puesto que al llegar los españoles, en esta zona arqueológica se levantó una capilla. Actualmente se celebran fiestas cada 3 de mayo en el Barrio de la Cruz, ceremonias católicas en el templo y danzas de concheros a lado de la pirámide integran la celebración.
Por lo que respecta a los vestigios ubicados en El Rosario, son únicos en su tipo en el país. Se trata de murales teotihuacanos que están fuera de la zona arqueológica de Teotihuacán.
Este sitio debe permanecer cubierto por motivos de conservación, ya que se encuentra sobre un suelo arenoso y con socavones; fue descubierto en 2009 y la investigación en torno al área se ha mantenido constante por parte del INAH.
Además de las pinturas se han descubierto en este lugar elementos arquitectónicos, piezas de cerámica e importantes textiles de características teotihuacanas, lo que indica a los arqueólogos que el sitio fue construido hace más de mil 800 años por aquella civilización.